Гендердің өзара әрекеттесуінің екі түрі бар.

1. Аллельді гендердің өзара әрекеттесуі.

2. Аллальді емес гендердің өзара әрекеттесуі.   

Ген тұқымқуалаупылықтың құрылымдық және функциялық бірліктері болып табылады. Жоғарыда келтірілген мысалдарда гендер, шынында да, жеке бірліктер сияқты әрекет етеді, яғни олардың әрқайсысы белгілі бір белгінің дамуын басқаларға тәуелсіз анықтайды. Сондықтан мынадай түсінік қалыптасуы мүмкін:

генотип — гендердің механикалық жиынтығы, ал

фенотип —жекелеген белгілердің мозаикасы.

Іс жүзінде олай емес. Барлық биохимиялық және физиологиялық процестері нақты үйлескен және өзара байланысқан жеке клетка да, организм де біртұтас жүйе болып табылуының басты себебі — генотип — өзара әрекеттесетін гендер жүйесінің болуы.

Бір немесе әр түрлі хромосомалардың әр түрлі локустарында орналасқан аллельді, сондай-ақ аллельді емес гендер өзара әрекеттеседі.,

Аллельді емес гендердің өзара әрекеттесуі

 Гендер белгілі бір аллельді емес гендердің көріну сипатына немесе бұл геннің өзінің көріну мүмкіндігіне әсер ететіндігіне көптеген мысалдар келтіруге болады. Гендердің екі жұбының өзара әрекеттесуі, мысалы, тауықтардың кейбір тұқымдарындағы айдарының тұқым қуалауы. Бұл гендердің әр түрлі үйлесімдерінің нәтижесінде айдардың төрт варианты пайда болады. Жүпар иісті асбұршақта түссіз пигменттің алғашқы формасы — пропигменттің синтезін анықтайтын А гені бар. Ал В гені фермент синтезін анықтайды, бұл фермент әсерінен пропигменттен пигмент түзіледі. ааВВ және ААbb генотиптері бар жүпар иісті асбұршақтың гүлдерінің түсі ақ болады: бірінші жағдайда фермент бар, бірақ пропигмент жоқ, екінші жағдайда пропигмент бар.

Дигетерозиготалы өсімдіктерде қоңыр қызыл пигменттің түзілуіне қатысатын пропигмент (А) және фермент (В) болады. Гүлдердің түсі сияқты қарапайым белгінің пайда болуы, ең болмағанда, өнімдері бір-бірін толықтыратын екі аллельді емес гендердің өзара әрекеттесуіне байланысты. Әр түрлі аллельді жүптар гендердің әрекеттесуінің бүл түрі комплементарлық — өзара толықтыру деп аталады.